Gewässer können anhand der in ihr befindlichen Menge von Nährstoffen klassifiziert werden. Grundlegend unterscheidet man etwa bei Seen zwischen vier Trophiesystemen: Oligotroph (I), Mesotroph (II), Eutroph (III) und Hypertroph (IV). Oligotrophe Seen sind Gewässer mit nur sehr wenigen Nährstoffen, Hypertrophe Seen sind dagegen äußerst Nährstoffreich. Die zwei wichtigsten und häufigsten Trophiensysteme sind oligotrophe und eutrophe Gewässer. Seen lassen sich unter diesem Aspekt folgendermaßen systematisieren:

Durch landwirtschaftliche Nutzung, Nährstoffeintrag aus Kläranlagen und der Luft sowie vielfältige andere industriell-zivilisatorischen Einflüsse steigt der Nährstoffgehalt von Wasser trotz vieler Verbesserungsmaßnahmen weltweit noch immer an. Wegen der Kreislaufführung ist davon nicht nur von Oberflächenwasser einschließlich Meerwasser betroffen, sondern auch unter der Erdoberfläche fließendes Wasser und Gletscher.

Die bekanntesten Nährstoffe sind Phosphor, Nitratstickstoff und Ammoniumstickstoff. Selbst an vielen Quellen lässt sich mittlerweile deren zu hoher Nährstoffgehalt in Form eines übermäßigen Wachstums von Faden- und Schleimalgen beobachten.

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