Quellen können durch eine Vielzahl geologischer Prozesse entstehen und auch versiegen. Der unterirdische Lauf des Wassers ist durch natürliche Prozesse, insbesondere Erosion und Gesteinseinbrüchen, ständigen Änderungen unterworfen. Die größte Gefährdung von Quellen geht von menschlichen Eingriffen in Landschaft und Natur aus. Die wichtigsten sind die Absenkung und/oder Umleiten des Grundwasserspiegels, Bergbau, Holzeinschlag, Straßen- und Tiefbau, das Fassen und Überbauen einer Quelle (Brunnenhaus), das Verrohren ihres Ablaufs, Ablagerungen und Fischteiche im Quellbereich, Bepflanzung des Quellbereichs mit standortfremden Gehölzen (Fichtenbeständen etwa führen zur Versauerung), intensive Bewirtschaftung von landwirtschaftlichen Flächen im Bereich der Quelle, Einleitungen (etwa von Drainagewasser) und Trittschäden.

Der Anteil gefasster und verrohrter Quellen ist regional unterschiedlich. Er hängt neben dem Bedarf an Wasser auch ab von der Ergiebigkeit, Wasserqualität und Lage der Quellen. Kleine Quellen sind deshalb weitgehend von der Nutzung ausgenommen und werden allenfalls offen gefasst. Von den in Frage kommenden Quellen wird ein überwiegender Teil für die lokalen Wasserversorger genutzt und mit dem Fassen in unterirdischen Brunnenstuben in ihrem Charakter vollständig geändert. Als Raum für höhere Lebensformen verlieren sie so jeden Wert.

Eine landesweit repräsentative Bewertung in Rheinland-Pfalz etwa ergab, dass sich nur noch rund ein Drittel aller untersuchten Quellen sich dort in einem naturnahen Zustand befinden. Ähnliche Zahlen sind auch für andere Regionen in Deutschland anzunehmen. Durch die sehr empfindliche Flora und Fauna von Quellen wird ihr ökologisches Gleichgewicht noch leichter gestört als das anderer Naturräume.

In Karstgebieten ist ein weiteres Problem die dort besonders stark zunehmende Anreicherung des Quellwassers mit Nährstoffen. Sie führt zu einem verstärkten Wachstum von Algen, während Arten, die nährstoffarme Habitate benötigen, zunehmend verdrängt werden.

Mittlerweile ist auch nachgewiesen, dass Quellen und Quellgebiete durch den Klimawandelt stark in Mitleidenschaft gezogen werden.